Delapan tahun setelah kematian misterius ayahnya, Kaito Kuroba, seorang remaja yang sedikit nakal tapi biasa saja, menemukan rahasia yang mengejutkan: Pencuri Hantu Kaito Kid—juga dikenal sebagai “The Magician Under the Moonlight”—tak lain adalah ayahnya sendiri. . Mantan pencuri itu dibunuh oleh organisasi kriminal yang mencari batu mistis yang disebut Permata Pandora, dikatakan meneteskan air mata dengan lewatnya Lembah Komet yang datang setiap sepuluh ribu tahun. Saat air mata dikonsumsi, permata tersebut konon memberikan keabadian.
Bersumpah untuk membawa mereka yang bertanggung jawab atas kematian ayahnya ke pengadilan, Kaito melakukan penyamaran Pencuri Phantom, mencuri permata yang tak ternilai malam demi malam untuk menemukan Permata Pandora sebelum musuhnya dapat menggunakan kekuatannya untuk diri mereka sendiri.
